HPV病毒感染的治疗费用，合作医疗一般不能报销。以下是具体的分析：

首先，我们要明确HPV病毒感染的治疗通常不属于合作医疗的报销范围。合作医疗，即新型农村合作医疗保险，主要是为农村居民提供基本医疗保障，其报销范围通常包括住院费用、门诊费用、药品费用等，但一般不包括特定疾病（如HPV病毒感染）的治疗费用。

其次，HPV病毒感染的治疗往往涉及到特殊的检查、治疗方法和药物，这些可能不在合作医疗的报销目录内。因此，即使患者参加了合作医疗，也可能无法获得相关费用的报销。

最后，我建议患者在治疗HPV病毒感染前，先咨询当地的医保部门或合作医疗管理机构，了解具体的报销政策和规定。同时，也可以考虑购买商业医疗保险或寻求其他途径来减轻治疗费用负担。

总之，HPV病毒感染的治疗费用一般不属于合作医疗的报销范围。患者应根据自身情况和当地政策，合理规划治疗费用和报销途径。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。