关于五险一金由代缴机构代缴是否合法，这个问题需要根据具体的情况来细致分析。以下是对此问题的详细解答：
一、合法的代缴情形
企业委托具有资质的第三方代缴：
- 当企业因某些原因（例如没有专门的人力资源部门、在外地有分支机构而当地没有社保账户等）无法直接为员工缴纳五险一金时，可以委托具有人力资源服务许可证和劳务派遣经营许可证等合法资质的第三方机构代缴。
- 在这种情况下，企业与代缴机构需签订合法有效的委托代理协议，明确双方的权利和义务，这种代缴方式是合法的，因为企业依然是员工劳动关系的主体，只是将社保和公积金的具体缴纳事务外包给了专业机构。
特殊政策允许下的自行缴纳：
- 在某些地区或特定情况下，政策可能允许自由职业者、个体工商户等没有固定用人单位的群体通过正规且具备资质的代理机构缴纳社保等费用。
- 但这种代理行为必须在政策允许的范围内进行，并且代理机构需具备良好的信誉和资质。
二、不合法的代缴情形
个人通过非法中介代缴：
- 个人为了享受社保待遇、购房资格、落户等政策，通过非法中介机构进行五险一金的代缴，这种行为是违法的。
- 因为社保缴纳应基于真实的劳动关系，个人通过非法中介代缴虚构了社保缴纳的条件，违反了《社会保险法》等相关法律法规。
代缴机构无资质或操作不规范：
- 如果代缴机构没有取得相关资质或操作不规范，如虚构劳动关系、乱收费等，也是违法的。
- 这种行为不仅可能导致代缴行为无效，还可能使相关人员面临罚款等行政处罚，甚至涉嫌诈骗等刑事犯罪。
三、劳动者的注意事项
在选择五险一金代缴服务时，劳动者应保持高度警惕，注意以下几点：
- 仔细核实代缴机构的资质和信誉，确保其具有合法资质和良好的市场口碑。
- 了解自己的权益和义务，确保代缴行为符合法律法规及政策规定。
- 避免通过非法途径或选择无资质的代缴机构进行代缴，以免触犯法律并遭受相应的法律后果。
综上所述，五险一金由代缴机构代缴的合法性取决于具体情况。在选择代缴机构时，务必谨慎核查其资质、信誉以及服务质量，确保代缴行为的合法性和安全性。如有需要，建议咨询专业的法律人士或相关部门以获取更准确的法律意见和指导。