当个体工商户的营业执照丢失并已经声明作废后，若需要办理注销手续，可以按照以下步骤进行：

一、准备相关材料

1. 填写并提交《个体工商户登记（备案）申请书》，该申请书需详细填写个体工商户的基本信息以及注销原因等。
2. 准备清税证明材料。如果登记机关和税务部门已经共享了清税信息，那么则无需提交纸质的清税证明材料。但为了确保顺利办理，建议提前与税务机关确认清税信息的共享情况。

特别注意：由于营业执照已经丢失并声明作废，因此在提交注销申请时，无需再缴回营业执照正、副本。但需要在申请书中注明营业执照的丢失及作废情况，并可能需要提供营业执照丢失的声明作废证明。

二、选择办理方式

个体工商户的注销登记可以选择线上或线下方式办理。

1. 线上办理：通过访问当地市场监管部门的官方网站或政务服务平台，按照页面提示进行在线申报。以某地区为例，可以登录该地区的市场监管局网站，找到“热门办事”栏目，点击“个体工商户注销登记注册”，然后按照流程进行申报。
2. 线下办理：携带准备好的相关材料，直接前往个体工商户所属的市场监管部门或政务服务中心的窗口进行办理。

三、提交申请并等待审核

无论是选择线上还是线下方式办理，都需要将准备好的材料提交给登记机关。提交后，登记机关将对申请进行审核。审核通过的，将出具《登记通知书》，标志着个体工商户的注销登记已经完成。

四、关注后续事项

虽然营业执照已经丢失并声明作废，但个体工商户在注销后仍需关注与注销相关的后续事项，如税务清算、银行账户注销等。确保所有与个体工商户相关的业务都已妥善处理完毕。

总之，个体工商户在营业执照丢失并声明作废后办理注销手续时，需要准备相关材料、选择办理方式、提交申请并等待审核，并关注后续事项。在整个过程中，建议与登记机关保持密切沟通，以确保注销手续的顺利办理。