一栋自建房屋在通常情况下只能有一个户主。以下是对此结论的详细解释：
户籍管理制度：根据我国现行的户籍管理制度，一户通常只能有一个户主。户主一般是该户籍的代表人，负责该户籍的相关事务。在自建房屋中，通常也是按照这一原则来确定户主的。
产权与户籍关系：自建房屋的产权归属通常与户籍登记相关联。在大多数情况下，房屋的产权人会被登记为户主。如果一栋自建房屋有多个产权人，那么需要明确谁将作为户主进行户籍登记。但无论如何，一户只能有一个户主。
特殊情况处理：当然，也存在一些特殊情况，如共有产权、家庭内部协议等，可能会影响到户主的确定。但这些情况通常需要通过法律程序或相关部门的批准来处理，并且最终也只能确定一个户主。
综上所述，一栋自建房屋在通常情况下只能有一个户主。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。