将商品房二楼私自改为独立管道，若涉及建筑主体和承重结构变动、违反规划要求或损害他人权益，将构成违法行为。以下是对此问题的详细分析：
法律依据与详细分析
《中华人民共和国民法典》：
- 业主对建筑物专有部分享有权利，但行使权利时不得危及建筑物的安全，也不得损害其他业主的合法权益。这是处理商品房改建问题的基本原则。
《住宅室内装饰装修管理办法》：
- 明确禁止了未经原设计单位或具有相应资质等级的设计单位提出设计方案，就变动建筑主体和承重结构的行为。
- 规定了具体的禁止行为，这些行为若涉及改变房屋结构或功能，且未经批准，即构成违法。
《中华人民共和国城乡规划法》：
- 要求在城市、镇规划区内进行建设活动必须取得建设工程规划许可证，未取得或未按照许可证规定进行建设的，属于违法建设。
不同情形的认定与处理
不违法情形：
- 如果二楼改为独立管道仅涉及一般性装修改造，如更换排水管道而不涉及建筑主体和承重结构变动，不违反相关禁止性规定，也不影响建筑物安全和其他业主合法权益，则通常不构成违法。
违法情形及后果：
- 危及建筑安全：擅自变动建筑主体和承重结构以安装独立管道，将严重影响建筑物的结构安全，违反了《住宅室内装饰装修管理办法》的禁止性规定。对此，相关部门有权责令改正，要求恢复原状，并可能处以罚款。
- 违反规划要求：未经批准擅自改变房屋原有排水系统，违反了《中华人民共和国城乡规划法》的相关规定，属于违法建设。可能会面临限期拆除、罚款等行政处罚。
- 损害他人权益：改独立管道导致其他业主房屋出现渗漏等问题，或影响邻居的排水等，损害了其他业主的合法权益。根据《中华人民共和国民法典》，责任人需依法承担赔偿责任。
建议与总结
在进行商品房二楼改为独立管道前，业主务必咨询专业人士并了解相关法律法规的规定。确保改建行为合法合规，不仅是对自己负责，也是对其他业主和整个建筑安全的负责。避免因一时疏忽而引发不必要的法律纠纷和经济损失。
如果你有更具体的情况或疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的实际情况提供更详细的法律建议。