针对“夫妻约定房屋归自一方但登记在两人名下”的情况，我们可以从以下几个方面进行分析和解答：
结论前置
夫妻之间关于房屋归属的约定，即使登记在两人名下，也可以根据实际情况和法律规定来确定房屋的真正归属。关键在于夫妻双方的真实意愿以及约定是否合法有效。
详细分析
夫妻财产约定的法律效力：
- 根据《民法典》的相关规定，夫妻可以约定婚姻关系存续期间所得的财产以及婚前财产归各自所有、共同所有或者部分各自所有、部分共同所有。
- 夫妻对婚姻关系存续期间所得的财产的约定，对双方具有法律约束力。
登记与约定的关系：
- 房屋登记在两人名下，通常意味着房屋是夫妻共同财产。但如果有明确的夫妻财产约定，且该约定合法有效，那么房屋的归属应以约定为准。
- 登记只是物权公示的一种方式，它并不一定能反映物权的真实状态。在夫妻财产关系中，真实的约定和双方的意愿更为重要。
约定的形式与要件：
- 夫妻财产约定应当采用书面形式，这是为了确保约定的明确性和可证明性。
- 约定内容应明确、具体，无歧义，且不得违反法律、行政法规的强制性规定。
- 约定最好经过公证或律师见证，以增强其法律效力。
可能存在的法律风险：
- 如果夫妻财产约定未采用书面形式，或者约定内容不明确、有歧义，那么在发生争议时，可能会面临举证困难的问题。
- 如果约定违反了法律、行政法规的强制性规定，那么该约定可能会被认定为无效。
建议与措施：
- 夫妻在约定房屋归属时，应确保约定内容明确、具体，无歧义，并尽可能采用书面形式。
- 如果条件允许，最好经过公证或律师见证，以增强约定的法律效力。
- 在发生争议时，应及时寻求专业律师的帮助，通过法律途径解决纠纷。
综上所述，夫妻之间关于房屋归属的约定是有效的，即使登记在两人名下，也可以根据约定来确定房屋的真正归属。但为了确保约定的法律效力和避免可能的法律风险，建议夫妻在约定时务必谨慎、明确，并尽可能采取必要的法律措施来保障自己的权益。