医保医师扣12分将面临的最严重处罚是终止医保支付资格。具体来说，根据医保支付资格管理制度，对违法或违反服务协议的定点医药机构的相关责任人员会进行记分管理。记分档次分为1至3分、4至6分、7至9分、10至12分。当一个自然年度内记分达到12分时，将会终止该责任人员的医保支付资格。

在终止期内，该责任人员所提供的服务发生的医保费用将不予结算。此外，根据违规行为的性质，累计记满12分的，自终止之日起1年内不得再次登记备案；而一次性记满12分的，则自终止之日起3年内不得再次登记备案。

这一制度旨在通过“驾照式记分”的方式，遏制医保基金的滥用，确保医保基金的安全和有效使用。同时，也提高了监管的精准性，让违规者付出应有的代价。

因此，医保医师应当严格遵守医保相关规定和服务协议，确保医疗行为的合规性，避免违规行为导致的记分和处罚。如果面临记分情况，也应通过合法途径进行记分修复，以恢复医保支付资格。