单位预缴的个税手续费退付操作，需要遵循一定的流程。以下是详细的步骤和注意事项，供您参考：

首先，根据《国家税务总局 财政部 中国人民银行关于进一步加强代扣代收代征税款手续费管理的通知》，代扣、代收扣缴义务人和代征人应在每年3月31日前，向税务机关提交上一年度“三代”（代扣、代收、代征）税款手续费申请相关资料。若因单位或个人自身原因未及时提交申请，将视为自动放弃上一年度“三代”税款手续费。

具体的退付手续费操作流程如下：

1. 登录系统：

   • 扣缴单位财务人员需登录自然人电子税务局（扣缴端）。

2. 进入退付手续费核对模块：

   • 在系统左侧菜单中点击“退付手续费核对”，进入相关界面。

3. 确认信息：

   • 系统会自动弹出确认信息提示框，点击“我知道了”后，系统将自动带出单户核对清册。

4. 核对清册并申请：

   • 勾选单户核对清册，点击“下一步”。
   • 查看并确认结报单，核对申请退付手续费金额。
   • 选择“开户银行”和“银行账号”等信息。

5. 提交申请：

   • 点击“申请退库”，系统弹出提示框后，点击“提交”。

6. 等待审核：

   • 完成后，系统将推送至税务机关及国库进行审核。
   • 审核通过后，申请的手续费将退到扣缴义务人办理退付手续费时选择的银行账户内。

此外，还有一些注意事项需要您关注：

• 若系统没有自动获取年度申报清册，您需要点击“获取结报单”来获取单户核对清册和结报单，并仔细核对上一年度本单位个税扣缴汇总与明细申报记录。
• 已经结算退付过手续费的数据，请勿重复勾选。
• 若核对结报单数据有误，或收款人名称与扣缴义务人名称不一致，请前往主管税务机关办税服务厅进行处理。
• 申请完成后，您可以在“退付手续费核对”模块的右上角查看申请状态。

希望以上解答能对您有所帮助。如有其他疑问或需要进一步的帮助，请随时联系税务机关或相关专业人士。