自然人可以申请医疗器械经营备案凭证。以第二类医疗器械经营备案为例，其办理对象包括自然人和法人。不过，在申请时，需要满足一定的条件，包括具有与经营范围和经营规模相适应的质量管理机构或质量管理人员、经营和贮存场所、贮存条件等，并具备与经营的医疗器械相适应的质量管理制度、专业指导、技术培训和售后服务的能力。

具体来说，申请第二类医疗器械经营备案的自然人或法人，应当具备以下条件：

1. 质量管理人员应当具有国家认可的相关专业学历或者职称；
2. 具有与经营范围和经营规模相适应的经营、贮存场所；
3. 若自行贮存，需具有与经营范围和经营规模相适应的贮存条件；若全部委托其他医疗器械经营企业贮存，则可以不设立库房；
4. 具备与经营的医疗器械相适应的质量管理制度；
5. 具备与经营的医疗器械相适应的专业指导、技术培训和售后服务的能力，或者与相关机构约定由其提供技术支持。

此外，申请过程中还需按照相关部门的要求提交完整的申请材料，并经过审核。如果申请材料齐全、符合法定形式，或者按照要求提交全部补正申请材料，相关部门将出具《受理通知书》。审核通过后，将做出审批决定，并颁发医疗器械经营备案凭证。

总的来说，自然人是可以申请医疗器械经营备案凭证的，但在申请前需仔细了解并满足相关条件和要求。