当您在医院挂号并使用职工医保进行支付时，扣费流程通常如下：

首先，职工医保的个人账户余额是可以用于支付挂号费用的。这是根据相关政策规定，个人账户主要用于支付参保人员在定点医疗机构发生的政策范围内自付费用，包括挂号费。因此，无论您是通过定点医疗机构的窗口挂号，还是通过自助服务机或线上平台进行挂号，都可以选择使用医保个人账户进行支付。

在具体操作时，如果您所在地区的医院已经实现了医保移动支付功能（如北京市的部分医院），您可以通过手机上的相关应用或小程序（如“京通”小程序）完成挂号和支付流程。您需要先激活医保电子凭证并绑定银行卡，然后在挂号时选择医保支付，系统会自动计算并扣除医保报销部分，您只需支付个人自付部分即可。

如果您所在地区的医院尚未实现医保移动支付功能，您可能需要在挂号窗口或自助服务机上使用医保卡进行支付。在这种情况下，您需要将医保卡插入读卡器，然后按照屏幕提示完成支付流程。同样，系统会自动计算并扣除医保报销部分，您只需支付个人自付部分。

总的来说，使用职工医保进行挂号支付时，系统会自动计算并扣除医保报销部分，您只需支付个人自付部分。具体支付方式和流程可能因地区、医院和平台的不同而有所差异，建议您在挂号前咨询医院或相关平台的工作人员以获取更详细的信息。