堵车时闯红灯是会被扣分的，但特殊情况下可申请行政复议撤销处罚。以下是详细分析：

1. 一般情况：

   • 在交通拥堵的情况下，如果车辆误闯红灯，即无视红灯相位的禁制通行规定，违法跨越停车线且持续行车，这将被视为违章行为。
   • 根据我国现行的交通法规，闯红灯的处罚是罚款200元及扣除6分。

2. 因前方交通拥堵进入路口导致红灯亮起的情况：

   • 如果驾驶员在绿灯时进入路口，但因前方拥堵被困在路口内，此时红灯亮起，车辆为了驶出路口而继续行驶，通常不会被认定为闯红灯。
   • 但这种情况下，驾驶员未按规定在路口外等候的行为可能会被视为“遇前方机动车停车排队等候或者缓慢行驶时，进入路口”的违法行为，并可能面临罚款处罚（不扣分）。

3. 特殊情况下的处理：

   • 如果因交通信号灯故障、交警指挥失误、跟随大型车辆视线阻挡“误闯”红灯或避让执行任务的救援车辆等导致闯红灯，驾驶员可以通过行政复议等合法途径向交通管理部门说明情况。
   • 若核实情况属实，交通管理部门有可能撤销闯红灯的处罚决定。

4. 驾驶建议：

   • 驾驶员在行驶过程中应严格遵守交通规则，确保行车安全。
   • 在遇到堵车或红灯时，应保持冷静，按照交通信号灯的指示行驶。
   • 如果因特殊情况而可能违反交通规则，应尽快采取合法途径向相关部门说明情况，以避免不必要的处罚。

综上所述，堵车时闯红灯是会被扣分的，但在特殊情况下，如果驾驶员能证明是非自身故意违法因素导致闯红灯，可以通过行政复议等途径申请撤销处罚。因此，驾驶员在行驶过程中应严格遵守交通规则，并在必要时采取合法手段维护自己的权益。如果你有任何关于交通法规的疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。