车辆发生故障不按规定设置警告标志，将依据道路类型面临不同的扣分处罚。具体来说：
在普通道路上：若驾驶机动车在道路上发生故障或事故后，未按规定使用灯光或设置警告标志，一次将被记3分。
在高速公路上：若驾驶机动车在高速公路或城市快速路上发生故障或事故，且未按规定使用灯光或设置警告标志，则一次将被记9分。
除了扣分之外，不按规定设置警告标志的驾驶人还将面临罚款，根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，可处以20元以上200元以下的罚款，具体罚款金额可能因地区而异，需参照当地交通法规执行。
因此，驾驶人在车辆发生故障时，应严格遵守相关规定，立即开启危险报警闪光灯，若条件允许应将机动车移至不妨碍交通的地方停放，若车辆难以移动，则应持续开启危险报警闪光灯，并在来车方向设置警告标志，必要时迅速报警求助，以确保道路交通安全。