单位有两年未申报个人所得税，这是一个需要及时处理的问题，以避免可能的法律风险和税务处罚。以下是我作为律师，根据多领域法律实务经验，为你提供的详细建议：

1. 立即补报税款：

   • 首先，你需要尽快联系单位所在的税务机关，了解具体的补报流程和所需材料。
   • 准备好所有相关的税务文件和资料，如员工的收入证明、税务申报表等，以便进行补报。
   • 在补报过程中，要确保所有信息的准确性和完整性，避免再次出现错误或遗漏。

2. 缴纳滞纳金和罚款：

   • 由于单位未按时申报税款，税务机关可能会根据相关规定收取滞纳金和罚款。
   • 你需要向税务机关咨询具体的滞纳金和罚款金额，并及时缴纳，以减轻法律后果。

3. 与税务机关沟通：

   • 在补报税款和缴纳滞纳金、罚款的同时，积极与税务机关沟通，解释单位未按时申报的原因，并表达改正的意愿。
   • 良好的沟通有助于建立信任，可能减轻处罚或获得更多的理解和支持。

4. 加强内部管理：

   • 针对此次未申报税款的问题，单位应加强内部管理，确保未来按时、准确地进行税务申报。
   • 可以设立专门的税务管理岗位，或委托专业的税务代理机构进行税务管理，以提高税务申报的准确性和效率。

5. 关注法律风险：

   • 单位未按时申报个人所得税可能涉及法律风险，如被税务机关追缴税款、罚款、滞纳金等，甚至可能面临刑事处罚。
   • 因此，单位应密切关注税务法规的变化，及时了解和适应新的税务政策，以确保合规经营。

综上所述，单位应尽快补报税款、缴纳滞纳金和罚款，并与税务机关保持良好沟通。同时，加强内部管理和关注法律风险也是必不可少的。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。