针对您提出的问题，即夫妻离婚后孩子归男方但户口和女方在一起，孩子上学该怎么办，以下是我的详细解答：
首先，需要明确的是，夫妻离婚后的子女抚养权和户口问题是两个相对独立但又有所关联的问题。抚养权决定了孩子主要由哪一方照顾和抚养，而户口则关系到孩子的学籍、社保等一系列问题。
一、关于抚养权与上学地点
抚养权归属：根据您提供的信息，孩子归男方抚养。这意味着男方应承担起照顾孩子日常生活和教育的责任。
上学地点选择：孩子的上学地点原则上应跟随抚养权一方，即男方。如果男方希望孩子在特定学校就读，应负责办理相关入学手续。
与女方户口关联：虽然孩子的户口与女方在一起，但这并不直接影响孩子上学。男方可以与女方协商，将孩子的户口迁至男方名下，或者保持现状但确保不影响孩子上学。
二、关于户口迁移与上学问题
户口迁移：如果男方希望将孩子的户口迁至自己名下，需要与女方协商并办理相关迁移手续。这通常涉及到户籍所在地的派出所或公安局。
学籍管理：孩子的学籍通常与户口所在地相关，但如果男方希望孩子在非户口所在地就读，可以了解当地的学籍管理政策，看是否需要办理特殊手续，如借读、转学等。
学校选择：在选择学校时，除了考虑户口因素外，还应考虑学校的教学质量、师资力量、孩子兴趣等多方面因素。男方可以与女方共同协商，为孩子选择最合适的学校。
三、建议与注意事项
协商沟通：男方与女方应保持良好沟通，共同为孩子的成长和教育着想。在处理户口和上学问题时，应充分协商并达成共识。
了解政策：男方应了解当地的户籍管理、学籍管理以及教育政策等相关规定，确保在处理孩子上学问题时能够符合相关规定。
关注孩子需求：在处理孩子上学问题时，应充分考虑孩子的意愿和需求，确保孩子能够在良好的环境中学习和成长。
综上所述，虽然孩子的户口与女方在一起，但这并不妨碍男方作为抚养权人负责孩子的上学问题。男方应与女方协商沟通，了解相关政策规定，并关注孩子的需求，为孩子选择最合适的上学方式。