当发现发票联次缺失时，处理方式会根据发票的类型（增值税专用发票或普通发票）以及缺失的具体联次而有所不同。以下是一些基本的处理步骤和建议：
对于增值税专用发票：
立即报告：一旦发现发票联次缺失，应立即向公司财务负责人或相关部门报告，以便及时采取措施。
确认缺失情况：详细检查并确认缺失的联次，是全部联次缺失还是部分联次（如发票联、抵扣联等）缺失。
查找与补救：
向税务机关报告：携带相关证明材料（如发票开具记录、丢失情况说明等）到主管税务机关报告发票丢失情况，并接受税务机关的处理。
配合处理：根据税务机关的要求，可能需要填写相关表格、提交丢失发票的复印件或电子版、接受税务机关的处罚（如有）等。
后续管理：加强发票管理，避免类似情况再次发生。同时，对于丢失的发票，应在公司财务记录中做相应处理。
对于普通发票：
同样立即报告：发现普通发票联次缺失时，也应立即向公司财务负责人或相关部门报告。
确认与查找：确认缺失的联次，并尝试查找可能遗落的地方。
记录与说明：如果确认丢失，应在公司财务记录中详细记录丢失情况，并撰写丢失情况说明。
向税务机关咨询：虽然普通发票的丢失处理可能不如增值税专用发票那么严格，但仍建议向主管税务机关咨询具体的处理方式，以确保合规。
加强内部管理：同样需要加强发票管理，确保发票的完整性和安全性。
总结：
无论丢失的是增值税专用发票还是普通发票，都应立即采取行动，包括报告、确认、查找、记录、向税务机关报告或咨询等。同时，加强内部管理，避免类似情况的再次发生是非常重要的。在处理过程中，务必遵守相关法律法规和税务机关的规定，以确保合规性。