当单位员工被诊断出患有艾滋病时，单位应当遵循《艾滋病防治条例》以及相关法律法规的规定，以科学、合理、人性化的方式处理。以下是一些具体的建议：
一、保障员工权益
首先，要明确任何单位和个人不得歧视艾滋病病毒感染者、艾滋病病人及其家属。他们的婚姻、就业、就医、入学等合法权益受法律保护。单位应当维护员工的隐私权，避免不必要的泄露和歧视。
二、提供必要的支持
情感与心理支持：单位可以为员工提供心理咨询服务，帮助他们应对疾病带来的心理压力和困扰。
工作调整：根据员工的健康状况和实际需求，单位可以与员工协商，对其工作岗位进行适当调整，以减轻工作负担，确保员工能够在身体状况允许的情况下继续工作。
医疗支持：单位应当鼓励员工及时就医，并为其提供必要的医疗支持。同时，也可以与医疗机构合作，为员工提供专业的艾滋病治疗与咨询服务。
三、加强宣传与教育
单位可以利用内部宣传渠道，如公告栏、内部邮件等，加强艾滋病防治知识的宣传与教育。通过提高员工对艾滋病的认识和理解，消除恐惧和歧视，营造一个和谐、包容的工作环境。
四、遵守相关法律法规
单位在处理员工艾滋病问题时，必须严格遵守《艾滋病防治条例》以及相关法律法规的规定。不得因员工患有艾滋病而对其进行不公正待遇或解雇。同时，也要积极配合政府部门的防治工作，共同维护公共卫生安全。
总之，当单位员工被诊断出患有艾滋病时，单位应当以科学、合理、人性化的方式处理。通过保障员工权益、提供必要的支持、加强宣传与教育以及遵守相关法律法规等措施，共同营造一个和谐、包容的工作环境，帮助员工积极面对疾病并早日恢复健康。