医保卡异地就医备案以后在药店是否可以使用，取决于多个因素。

首先，根据相关政策，跨省异地就医备案后，参保人可以享受跨省异地就医直接结算服务。这主要适用于跨省异地长期居住人员和跨省临时外出就医人员。备案成功后，参保人在选定的异地联网定点医疗机构进行就医时，可以直接结算医疗费用。

然而，对于药店的使用，具体要看药店是否属于跨省联网定点药店，并且是否开通了相应的直接结算服务。如果药店满足这些条件，那么参保人在备案后是可以在该药店使用医保卡进行直接结算的。

此外，还需要注意的是，医保报销政策遵循“就医地目录，参保地政策”的原则。也就是说，能够报销什么（药品、医疗服务项目等）由就医地医保目录决定，而报销多少钱（起付线、报销比例等）则按照参保地政策执行。因此，在使用医保卡进行结算时，也需要关注这些政策差异。

总的来说，医保卡异地就医备案后在药店能否使用，需要综合考虑药店是否属于定点药店、是否开通了直接结算服务以及医保报销政策等因素。如果满足相关条件，参保人是可以在药店使用医保卡进行结算的。如果不确定具体情况，建议咨询当地的医保部门或相关机构以获取更准确的信息。