变更三方存管不一定需要清空账户，但具体流程可能因不同的银行或金融机构而有所不同。一般来说，如果您需要变更三方存管账户，可以按照以下步骤进行：
了解变更要求：
- 首先，您需要咨询相关银行或金融机构，了解变更三方存管账户的具体要求和流程。
- 确认是否需要清空账户余额，以及是否有其他特定的限制或条件。
准备必要文件：
- 根据银行或金融机构的要求，准备必要的身份证明文件、账户信息、新的存管账户信息等。
办理变更手续：
- 前往原三方存管账户所在的银行或金融机构，提交变更申请及所需文件。
- 根据银行或金融机构的指导，完成变更手续，这可能包括填写申请表、签署相关文件等。
确认变更结果：
- 在完成变更手续后，务必确认变更是否成功，并了解新的三方存管账户信息。
- 如有需要，更新与三方存管账户相关的所有信息，如自动扣款设置、投资账户关联等。
处理账户余额：
- 如果变更过程中需要清空账户余额，请确保在变更前将余额转移到新的存管账户或其他指定账户。
- 如果不需要清空账户余额，则确认余额已正确转移至新的存管账户。
需要注意的是，具体的变更流程和要求可能因不同的银行或金融机构而有所不同。因此，在办理变更前，请务必咨询相关机构并仔细阅读相关协议和条款，以确保您能够正确、顺利地完成变更手续。
另外，如果您是在电子税务局等特定平台上进行三方协议的变更，可能还需要遵循平台上的特定操作流程和要求。例如，在电子税务局上，您可能需要先终止原三方协议，然后修改存款账户账号报告，并重新签订新的三方协议。这些步骤通常可以在平台的帮助文档或客服支持中找到详细的指导。