房产证丢失后，办理补办手续时，相关部门在系统内是可以查到该房产的登记信息的。

详细分析如下：

1. 房产证丢失的影响：

   • 房产证是房屋所有权的重要证明文件，但其丢失并不意味着房屋所有权也随之消失。
   • 丢失房产证后，房屋的所有权仍然属于原产权人，只是需要尽快办理补办手续。

2. 系统查询与补办流程：

   • 当产权人前往房产登记部门申请补办房产证时，部门工作人员会在系统内查询该房产的登记信息。
   • 这些信息包括房屋的位置、面积、产权人姓名、产权比例等，是确认房屋所有权归属的重要依据。
   • 在确认无误后，房产登记部门会按照相关规定为产权人补办新的房产证。

3. 法律保障：

   • 根据我国相关法律规定，房屋所有权以登记为准。因此，即使房产证丢失，只要房产登记信息仍然存在，产权人的合法权益就不会受到影响。
   • 如果因房产证丢失而引发纠纷，产权人可以依法通过法律途径维护自己的权益。

综上所述，房产证丢失后，在办理补办手续时，相关部门是可以在系统内查到该房产的登记信息的。因此，产权人不必过于担心房产证丢失会带来的法律风险，只需尽快按照相关规定办理补办手续即可。