当普通发票被稽查时，处理流程通常遵循一系列明确的步骤，这些步骤旨在确保税收法规的合规性，并对应违规行为进行适当处理。以下是一个基于您提供的参考信息整理出的详细解答：
一、稽查过程
发票情况检查：
- 税务稽查部门会对特定时间段内的发票情况进行详细检查，包括发票的开具、使用、保管等。
- 通过税务管理系统查询企业的发票信息，与企业的实际经营情况进行比对。
经营情况核实：
- 稽查人员会核实企业的实际经营地址、联系电话等基本信息，确认企业是否存在虚假注册或走逃失联的情况。
- 检查企业是否进行了纳税申报，以及申报的销售额与发票开具情况是否一致。
资金流调查：
- 稽查部门会调查企业的资金流情况，确认发票对应的交易是否真实发生，资金是否真实流转。
- 如发现企业未登记备案银行账号信息或银行信息虚假，将进一步追查资金流向。
其他相关情况调查：
- 稽查人员还会调查企业与其他企业的关联关系，以及是否存在其他违规行为，如虚开增值税专用发票、逃税等。
二、处理决定
根据稽查结果，税务部门将作出相应的处理决定，可能包括：
补税与滞纳金：
- 如发现企业存在未申报或漏报销售额的情况，税务部门将要求企业补缴税款及滞纳金。
罚款：
- 对于违规行为，如虚开发票，税务部门将根据《中华人民共和国发票管理办法》等相关法规对企业进行罚款。
移送公安机关：
- 如企业涉嫌构成犯罪，如虚开金额累计达到一定数额，税务部门将依法将案件移送公安机关立案侦查。
税务登记调整：
- 对于走逃失联或虚假注册的企业，税务部门可能将其税务登记状态调整为非正常户，并采取相应的管理措施。
三、后续事项
- 账务调整：企业应在收到税务处理决定书后的规定时间内进行相关账务调整，确保税务合规。
- 行政复议：如企业对税务处理决定有异议，可依法向上一级税务机关申请行政复议。
综上所述，普通发票被稽查时，企业应积极配合稽查工作，如实提供相关资料和信息。如存在违规行为，应及时进行整改并接受相应的处理决定。同时，企业也应加强内部管理，确保税务合规性，避免不必要的法律风险。