总公司欠款，法院在特定情况下是可以冻结分公司账户的。但这一操作在实操中可能会因地区和具体案件情况而有所差异。

1. 保全阶段：在保全阶段，法院可能会拒绝保全分公司财产，理由通常是分公司不是被告，保全裁定上并未列明分公司为主体。然而，这并不意味着在所有情况下都不能保全分公司财产，因为理论上这是说得过去的，实际操作中也可能存在部分法院的例外操作。

2. 执行阶段：在执行阶段，原则上法院是可以执行分公司财产的。但同样，也可能存在部分法院排斥执行分公司财产的情况。这主要取决于具体的法律条款、案件情况以及法院的判断。

综上所述，总公司欠款时，法院是否可以冻结分公司账户并没有一个绝对的答案。它取决于多个因素，包括案件的具体情况、法院的判断以及相关的法律规定。如果你面临这样的情况，建议尽快咨询专业律师，以便根据你的具体情况制定合适的应对策略。如果你有任何进一步的法律问题，可以直接向我提问，我会尽我所能为你提供帮助。