报关单币种报错修改，确实存在被处罚的可能性，但具体处罚情况会根据实际情况有所不同。

首先，如果在报关过程中发现币种报错，并主动向海关申请改单，这通常会被视为一种积极纠正错误的行为。在申请改单时，你需要提供相关证据和文件，如水单、盖章合同等，以证明实际交易金额和币种。海关会对你的改单申请进行审核，并会根据审核结果和相关法规来确定是否给予处罚以及处罚的轻重。

根据《中华人民共和国海关行政处罚实施条例》的相关规定，对于申报不实的行为，海关可以给予警告、罚款等处罚。然而，具体的处罚金额和方式会根据海关的审核结果、错误的性质、是否影响海关统计、是否影响税收征管以及是否存在主观故意等因素来确定。

如果你已经报关放行并发现错误后主动申请改单，这表明你并没有主观故意地造成这个错误。在这种情况下，处罚可能会相对轻微，甚至有可能不被处罚。但是，这并不意味着你可以完全忽视这个错误。因为除了可能的处罚外，这种错误还可能对企业的信誉和海关评级产生影响。

因此，我建议你在发现报关单币种报错后，尽快与报关行和海关沟通，了解具体的处理方式和可能的影响。同时，也要加强内部管理，确保类似问题不再发生。

总的来说，报关单币种报错修改是否会被处罚以及处罚的轻重，取决于多种因素。但是，只要你积极纠正错误、提供相关证据和文件，并与海关保持沟通，通常可以最大程度地减少可能的处罚和影响。