有限公司并不都是一般纳税人，其纳税身份主要取决于增值税年度应税销售额以及是否主动申请一般纳税人资格。

首先，从公司组织形式上看，有限公司是一种法人组织，是公司制企业的一种，而这与纳税身份（小规模纳税人或一般纳税人）没有直接关联。纳税身份的确定主要是基于增值税年度应税销售额。

对于新设立的有限公司，在成立时通常默认为小规模纳税人，适用简易计税方法，征收率相对较低。若公司希望成为一般纳税人，需要满足一定的条件，如会计核算健全，能向税务机关提供准确的税务资料，并主动向主管税务机关申请。

当有限公司作为小规模纳税人的年应税销售额超过规定标准时（目前这个标准为500万元），就必须强制登记为一般纳税人，按照一般纳税人的规定进行税务处理。此外，即使年应税销售额未超过小规模纳税人标准，有限公司也可在会计核算健全的前提下，自愿向主管税务机关办理一般纳税人登记。

一般纳税人和小规模纳税人在税率、应纳税额计算方式以及发票开具权限等方面存在显著差异。一般纳税人的税率根据不同行业设定，分别为13%、9%、6%等，而小规模纳税人的税率基本是3%。在应纳税额计算方式上，一般纳税人采用销项税额减去进项税额的方式计算，且进项税额可以抵扣；而小规模纳税人则采用简易计税方法，不得抵扣进项税额。此外，一般纳税人可以开增值税专用发票，而小规模纳税人通常不能开具。

因此，有限公司的纳税身份并非一成不变，而是根据公司实际的应税销售额和是否主动申请一般纳税人资格进行调整。建议公司在日常经营中密切关注自身的应税销售额变化，并根据实际情况及时调整纳税身份，以确保税务合规并优化税务成本。