村民土地补偿款纠纷确实受诉讼时效的限制。具体适用时效及起算点需根据纠纷的性质来确定，以下是详细的解释：
一、行政诉讼情形下的诉讼时效
如果土地补偿款纠纷涉及行政行为，例如对政府的拆迁补偿决定不服，那么应适用行政诉讼时效的相关规定：
- 一般诉讼时效：公民、法人或其他组织直接向人民法院提起诉讼的，通常应在知道或应当知道行政行为作出之日起六个月内提出。
- 特殊时效：如果行政机关在作出行政行为时未告知起诉期限，那么起诉期限从知道或应当知道起诉期限之日起计算，但最长不得超过知道行政行为内容后的一年。
- 最长诉讼时效：对于因不动产提起的诉讼，如果自行政行为作出之日起超过二十年，人民法院将不予受理。
二、民事诉讼情形下的诉讼时效
如果土地补偿款纠纷属于民事纠纷，例如拆迁补偿协议的履行问题，那么应适用民事诉讼时效的规定：
- 一般诉讼时效：向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。这意味着，如果拆迁方与被拆迁方签订了拆迁补偿协议并约定了付款时间，但拆迁方到期未支付，被拆迁方需要在付款期限届满后的三年内提起民事诉讼来主张权利。
- 诉讼时效的起算点：诉讼时效期间自权利人知道或应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。但需注意，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护。不过，在特殊情况下，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
三、实际操作建议
由于土地补偿款纠纷的复杂性及其涉及的法律问题，建议权利人在遇到此类问题时及时咨询专业律师。律师能够根据具体情况分析诉讼时效的适用及起算点，并帮助权利人制定有效的法律策略，以确保其权益得到最大程度的保护。
综上所述，村民在面临土地补偿款纠纷时，应充分了解相关法律规定，并在专业律师的指导下采取合适的法律行动，以避免因错过时效而丧失维权的机会。