政府信息公开确实可能影响第三方的合法权益。在处理依申请公开的政府信息时，若公开这些信息可能会损害第三方的合法权益，行政机关需要遵循一系列步骤和原则来确保合法、公正、透明地处理此类情况。

1. 初步审查与信息确认：行政机关首先会对申请进行仔细审查，明确申请的具体内容和涉及的信息范围，这是判断信息是否涉及第三方权益以及可能产生何种影响的基础。

2. 书面征求第三方意见：根据《中华人民共和国政府信息公开条例》的规定，行政机关若认为申请的政府信息公开会侵犯第三方合法权益，会及时书面征求第三方的意见。在征求意见书中，会明确告知第三方相关信息内容、申请人的身份、征求意见的期限以及可能的公开后果，以便第三方能够充分了解情况并在规定时间内对信息公开事宜表达自己的态度和意见。

3. 区分不同情况处理：

   • 第三方同意公开：如果第三方明确表示同意公开该政府信息，行政机关会在征求第三方意见后的合理期限内作出是否公开的决定，并及时公开相关信息。
   • 第三方不同意公开：若第三方不同意公开，行政机关会对拟公开的政府信息进行全面审查，综合考量公共利益与第三方权益的平衡。如果行政机关认为不公开可能对公共利益造成重大影响，即使第三方不同意，也应决定予以公开，并将决定公开的政府信息内容和理由书面告知第三方及申请人。
   • 第三方逾期未提出意见：这种情况下，第三方的意见视为不同意公开。行政机关仍需按照“第三方不同意公开”的程序进行处理。

4. 及时告知与处理结果：不管最终是否公开相关政府信息，行政机关都会将处理结果及时、明确地告知申请人及第三方（如已表达意见）。若决定公开，会详细说明获取信息的方式和途径；若决定不予公开，会充分说明理由。

综上所述，政府信息公开在涉及第三方合法权益时，行政机关会谨慎处理，确保既保障公众的知情权，又切实维护第三方的合法权益。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。