小区房屋上下打通，在符合一定条件下是合法的，但复式楼另开入户门一般是不允许的。具体分析如下：

1. 上下两层打通：

   • 合法性：上下两层楼打通一般指的是在楼板上开一个楼梯洞，虽然这不是把楼板全部都敲掉，但也是一个比较大的工程。根据相关规定，这种改造需要征求物业的同意，并且上下层楼板开孔大小、位置要提前报批物业许可，开孔的位置不得影响承重墙和剪力墙。
   • 风险：楼板用钢筋和水泥砂浆现浇而成，开孔会截断钢筋，破坏主体的稳定性和牢固度，就算周边是框架梁承重，施工也可能对四周楼体造成影响。此外，改造后的房屋在出售时可能会面临恢复原状或因承重力和抗震力问题而贬值的风险。
   • 审批流程：业主不能私自施工，需要经过开发商、物业和住建部门审批，否则会被视为违建，一旦发生问题，业主要单独承担所有责任。

2. 复式另开入户门：

   • 不合法性：复式楼另开入户门“一套变两套”的行为，通常牵涉到擅自改变建筑物的承重结构和用途，可能危及建筑物本身的安全，并损害其他业主的合法权益。根据《住宅室内装饰装修管理办法》及相关法规，这种行为是不允许的，并可能受到行政处罚。
   • 案例：有实际案例表明，未经允许擅自在复式楼上另开入户门，被法院判决恢复原状，并承担相应的法律责任。

综上所述，小区房屋上下打通在符合一定条件下是合法的，但需要经过严格的审批流程；而复式楼另开入户门则通常是不允许的，可能面临法律风险和处罚。如果您有具体的房产问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。