医疗器械条例第89条第九项的违法行为由负责药品监督管理的部门和卫生主管部门依据各自职责查处。具体来说：

法规依据

• 《医疗器械监督管理条例》第八十九条：有下列情形之一的，由负责药品监督管理的部门和卫生主管部门依据各自职责责令改正，给予警告；拒不改正的，处1万元以上10万元以下罚款；情节严重的，责令停产停业，直至由原发证部门吊销医疗器械注册证、医疗器械生产许可证、医疗器械经营许可证，对违法单位的法定代表人、主要负责人、直接负责的主管人员和其他责任人员处1万元以上3万元以下罚款。其中就包括了未按照要求提交质量管理体系自查报告等情形。

查处部门及职责

• 负责药品监督管理的部门：该部门主要负责医疗器械的注册、生产、经营、使用等环节的监督管理工作，对于违反医疗器械管理条例的行为，有权进行查处。
• 卫生主管部门：卫生主管部门在医疗器械的监督管理中也扮演着重要角色，特别是对于医疗器械在医疗机构中的使用环节，卫生主管部门有权进行监督和查处。

查处流程

对于医疗器械条例第89条第九项的违法行为，查处流程通常包括以下几个步骤：

1. 立案：发现涉嫌违法行为后，相关部门会进行审查，决定是否立案。
2. 调查：对立案的案件，指定专人负责，及时组织调查取证，确保调查过程的公正性和合法性。
3. 审查：对案件调查报告进行审查，包括违法事实、证据、调查取证程序、法律适用等方面。
4. 告知：作出行政决定前，会制作《行政处罚事先告知书》送达当事人，告知违法事实及其享有的陈述、申辩等权利。
5. 决定：根据审查结果，制作行政决定书，载明行政处罚告知、当事人陈述申辩或者听证情况等内容。
6. 送达：行政处罚文书会按照法定方式送达当事人。
7. 执行：依照生效的行政处罚决定书，执行相应的行政处罚。

综上所述，医疗器械条例第89条第九项的违法行为由负责药品监督管理的部门和卫生主管部门依据各自职责进行查处。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。