腘窝囊肿的医疗费用是可以报销的，但具体报销情况和比例需根据当地的医疗保险政策来确定。

以孝感市为例，根据孝感市医疗保障局等相关部门发布的文件，参保居民在二级以上综合医疗机构进行的腘窝囊肿日间手术，其发生的符合规定的门诊医疗费用，可以视同住院医疗费用按住院的相关规定进行支付。这意味着，符合条件的腘窝囊肿手术费用可以按照住院医疗费用的报销标准进行报销。

然而，具体的报销比例、起付线标准以及报销流程等细节，可能会因地区和政策的不同而有所差异。因此，建议您在手术前咨询当地的医保部门或相关医疗机构，以了解详细的报销政策和流程。

此外，如果您需要异地就医或进行其他特殊医疗处理，也可能需要按照当地医保政策的相关规定进行申请和备案。请务必提前了解并遵循相关规定，以确保您的医疗费用能够得到顺利报销。