银行手续费发票应计入“财务费用”科目。具体处理时，应借记“财务费用”科目，贷记“银行存款”或“库存现金”等科目，以反映银行手续费的实际支出。

首先，银行手续费属于企业在日常经营活动中发生的与金融相关的费用，按照会计准则的规定，这类费用应计入“财务费用”科目。财务费用科目主要用于核算企业为筹集生产经营所需资金等而发生的筹资费用，包括利息支出（减利息收入）、汇兑损益以及相关的手续费、企业发生的现金折扣或收到的现金折扣等。

其次，从税务角度来看，银行手续费也属于增值税应税项目。因此，企业在支付银行手续费时，应取得正规的发票作为税前扣除的凭证。如果未能及时取得发票，可能会导致税务风险，如无法进行税前扣除、需要纳税调增等。所以，企业在处理银行手续费时，务必确保取得合规的发票，并妥善保管。

最后，需要注意的是，如果企业是一般纳税人且收到的银行手续费增值税专用发票可以抵扣进项税额，那么在会计处理时还需要确认进项税额，并相应地调整“应交税费——应交增值税（进项税额）”科目。如果无法抵扣进项税额或者企业是小规模纳税人，则无需进行这一步骤。

综上所述，银行手续费发票应计入“财务费用”科目，并在会计处理时确保取得合规的发票作为税前扣除的凭证。同时，根据企业的纳税身份和发票类型，还可能需要确认进项税额并进行相应的会计处理。