车子顶棚在车上一般不会影响年审，但具体情况需根据车辆的实际状况和年审要求来判断。

首先，我们要明确年审的主要目的是检查车辆的安全性、排放情况以及是否符合相关法规要求。在这个过程中，车辆的外观和完整性也是检查的一部分，但主要关注的是车辆是否安全、是否环保，以及是否进行了非法的改装或加装。

对于车子顶棚在车上这一情况，如果顶棚是车辆原装的，或者虽然是后加装的但符合相关法规要求，且没有影响到车辆的安全性和排放情况，那么一般情况下是不会影响年审的。然而，如果顶棚的加装或改装违反了相关法规，或者影响到了车辆的安全性和排放情况，那么就有可能导致年审不通过。

因此，在年审前，建议车主先自行检查一下车辆的顶棚情况，确保它符合相关法规要求，且没有影响到车辆的安全性和排放情况。如果发现有任何问题，应及时进行整改或修复，以确保车辆能够顺利通过年审。

总的来说，车子顶棚在车上是否会影响年审，主要取决于顶棚的加装或改装是否符合相关法规要求，以及是否影响到了车辆的安全性和排放情况。如果你对这方面有任何疑问或担忧，可以随时向我咨询，我会根据你的具体情况给出更详细的解答和建议。