领结婚证后户口本没在一起，一般情况下并没有实质性的影响。下面我从几个方面来详细解释这个问题：

1. 法律效力的角度：结婚证是夫妻关系的法定证明，它的法律效力并不依赖于户口本是否合并。只要双方依法登记结婚，无论户口本是否在一起，都不影响婚姻的法律效力。

2. 日常生活的角度：户口本主要用于记录家庭成员的基本信息，以及办理一些与户籍相关的手续，如孩子上学、购房等。虽然户口本没在一起可能会在一些具体事务上带来些许不便，比如需要同时出示双方的户口本办理某些手续，但这并不构成实质性的法律障碍。

3. 未来变更的灵活性：户口本的信息是可以根据实际情况进行变更的。如果未来有需要，双方可以随时选择将户口合并或分开，这完全取决于双方的意愿和实际情况。

综上所述，领结婚证后户口本没在一起，并不会对夫妻双方的法律关系或日常生活产生实质性的影响。如果有任何具体的法律问题或疑虑，欢迎随时向我咨询。