银行卡转账限额不影响发工资。工资的发放是基于用人单位与银行之间的工资代发协议进行的，这一过程通常不受员工个人银行卡转账限额的约束。

详细来说，即使员工的银行卡有单日转账限额，比如5000元，但当企业发放工资时，银行会按照企业提供的工资清单，将全额工资准确无误地转入员工的银行卡账户内，无论这笔工资是否超过了银行卡的转账限额。这是因为银行代发工资是银行与企业之间的一种约定服务，其转账过程与个人主动发起的转账有着本质的区别，不受个人转账限额的限制。

当然，如果工资数额特别巨大，超过了银行卡的某些特定限额（如年度累计限额等），可能会出现部分金额无法一次性入账的情况。但这种情况相对罕见，且通常可以通过与银行协商调整限额或分笔发放工资等方式来解决。

因此，总的来说，银行卡转账限额并不会影响工资的发放。员工可以放心地接收自己的工资，无需担心因限额问题而导致工资无法到账。如果有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。