货物损失赔偿款一般需要纳税申报。具体分析如下：

根据《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》（财政部 国家税务总局第50号令）的相关规定，销售额为纳税人发生应税销售行为收取的全部价款和价外费用，其中价外费用包括价外向购买方收取的手续费、补贴、基金、集资费、返还利润、奖励费、违约金、滞纳金、延期付款利息、赔偿金等。这意味着，当公司收到物流公司因货物丢失而支付的赔偿款时，这笔赔偿款属于价外费用的范畴，通常需要纳入增值税的计税依据，进行纳税申报。

当然，具体的纳税处理可能还受到其他因素的影响，比如赔偿款的具体性质、合同条款的约定、税收政策的调整等。因此，在实际操作中，建议公司根据具体情况咨询当地税务机关或专业税务顾问，以确保纳税处理的准确性和合规性。

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