跨区税源登记增值税预缴的计算主要依据的是《国家税务总局关于发布<纳税人跨县(市、区)提供建筑服务增值税征收管理暂行办法>的公告》(国家税务总局公告2016年第17号)的相关规定。以下是对这一计算方法的详细解释：

首先，需要确定的是，跨区提供建筑服务的纳税人，其应预缴的税款是按照一定公式来计算的。这个公式分为两种情况：

1. 无分包款的情况： 应预缴税款 = 全部价款和价外费用 ÷ (1 + 税率) × 预征率

在这里，税率根据财税〔2018〕32号以及财政部税务总局海关总署公告2019年第39号文件规定，已经由11%调整至9%。预征率则通常为2%。

因此，无分包款时的应预缴税款计算公式为： 应预缴税款 = 全部价款和价外费用 ÷ (1 + 9%) × 2%

1. 有分包款的情况： 应预缴税款 = (全部价款和价外费用 - 支付的分包款) ÷ (1 + 税率) × 预征率

同样地，税率和预征率分别按照9%和2%来计算。

因此，有分包款时的应预缴税款计算公式为： 应预缴税款 = (全部价款和价外费用 - 支付的分包款) ÷ (1 + 9%) × 2%

在计算过程中，需要注意的是，纳税人从取得的全部价款和价外费用中扣除支付的分包款时，应当取得符合法律、行政法规和国家税务总局规定的合法有效凭证，否则不得扣除。

此外，对于跨区提供建筑服务的纳税人，还需要按照相关规定填报《增值税及附加税费预缴表》及其他相关资料，并向税务机关进行纳税申报。这一流程通常可以通过上门申请、网上申请或移动终端申请等方式进行，且办结时限为即时办结。

总的来说，跨区税源登记增值税预缴的计算方法并不复杂，但需要纳税人准确掌握相关政策和规定，并严格按照公式进行计算和申报。如有任何疑问或不确定的地方，建议及时咨询当地税务机关或专业税务顾问以获取准确的解答和指导。