如果车辆已经过户到你名下，但由别人驾驶时发生了交通违章，通常会扣实际驾驶人的分，而不是车主的分。下面我详细解释一下：

1. 交通违章的责任归属：

   • 根据交通法规，交通违章的责任主要归属于实际驾驶人。这是因为驾驶人是车辆运行时的直接控制者，对车辆的行驶安全负有直接责任。
   • 车主虽然对车辆拥有所有权，但并不一定每次都亲自驾驶。因此，在交通违章的处理中，通常只追究实际驾驶人的责任。

2. 扣分与罚款的执行：

   • 当车辆发生交通违章时，如超速、闯红灯等，交警部门会根据实际驾驶人的驾驶证信息进行扣分和罚款。
   • 扣分和罚款是针对驾驶人的，而不是针对车辆的。因此，即使车辆已经过户到你名下，但如果不是你亲自驾驶，你的驾驶证就不会被扣分。

3. 特殊情况的处理：

   • 当然，也存在一些特殊情况。比如，如果车主明知驾驶人没有驾驶证或者驾驶证被吊销，仍然将车辆交给其驾驶，那么车主也可能需要承担一定的责任。
   • 另外，如果车辆存在安全隐患或者未按规定进行年检等，导致交通事故的发生，车主也可能需要承担相应的责任。但这些情况与交通违章的扣分处理是分开的。

综上所述，如果车辆已经过户到你名下，但由别人驾驶时发生了交通违章，通常会扣实际驾驶人的分。你作为车主，只需要确保车辆处于良好状态，并遵守相关交通法规即可。如果有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。