注册公司自然人确实存在风险，这些风险主要体现在以下几个方面：
经营风险直接传导：
- 业务公司在经营过程中，难免会遇到合同履约、债务等司法风险。若自然人直接作为股东，这些风险将直接传导给自然人股东，可能导致其个人财产受到牵连。
税务风险难以规避：
- 税务合规对于企业而言是一个重要的挑战，特别是随着税务监管系统的升级（如金税四期）。自然人股东若未能妥善处理税务问题，可能面临税务风险，甚至涉及个人所得税的补缴和处罚。
资金运作不灵活：
- 自然人设立的业务公司在资金运作上可能受到诸多限制。例如，分红给自然人股东需缴纳20%的分红税，这增加了资金运作的成本。同时，若需投资新业务，可能面临资金调配的困难。
税务成本较高：
- 自然人设立的公司，在股权转让或注销时，若存在留存利润，将涉及20%的个人所得税。这增加了企业的税务成本，降低了资金使用的效率。
为了规避这些风险，建议采取控股公司架构，即先成立一家投资有限公司（有限责任公司），再由该公司作为股东设立业务公司。这样，业务公司的风险将隔离在控股公司之外，不会直接传导给自然人股东。同时，控股公司还可以作为资金通道，灵活调配资金，降低税务成本，并实现合理的税务规划。
综上所述，注册公司时，自然人直接作为股东确实存在风险。为了规避这些风险，建议采取更为合理的股权架构和税务规划策略。如果您有具体的法律需求或疑问，可以直接向我咨询，我将为您提供专业的法律建议和服务。