申请中的宅基地被别人占用了是违法的。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据

1. 宅基地使用权：根据我国《中华人民共和国民法典》和《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，宅基地的所有权归集体所有，农户通过合法程序获得宅基地的使用权，用于建造住宅及其附属设施。这种使用权受到法律的严格保护，任何未经使用权人同意的占用行为都是违法的。

2. 用益物权保护：宅基地使用权作为一种用益物权，其合法权益不容侵犯。非法占用他人宅基地，即构成对他人用益物权的侵害，需承担相应的法律责任。

二、可能面临的法律后果

对于非法占用他人宅基地的行为，根据情节轻重，可能会面临以下法律后果：

1. 民事责任：

   • 若非法占用行为导致宅基地使用权人遭受经济损失，占用人需承担赔偿责任，包括直接损失以及合理的间接损失。
   • 被侵权人有权要求侵权人立即停止占用行为，并恢复宅基地原状。

2. 行政处罚：

   • 县级以上人民政府自然资源主管部门将责令退还非法占用的土地。
   • 若违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地，还需限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，并处以罚款。

3. 刑事责任：

   • 若非法占用宅基地的行为情节严重，如改变土地用途、数量较大且造成农用地大量毁坏，可能涉嫌非法占用农用地罪等罪名，从而面临刑事追究。

三、应对建议

1. 协商解决：首先尝试与占用者进行友好协商，寻求和解。
2. 调解处理：若协商不成，可向村委会、乡镇政府等寻求调解，以达成双方都能接受的解决方案。
3. 法律途径：调解无果时，可通过以下方式维护自己的合法权益：
   • 向法院提起民事诉讼，要求侵占者承担相应的法律责任。
   • 向相关行政部门举报，由政府部门依法进行处理。

综上所述，申请中的宅基地被别人占用了是违法的，且可能面临严重的法律后果。因此，建议在使用宅基地时务必遵守相关法律法规和规定，尊重他人的合法权益。如遇宅基地被侵占的情况，应及时向当地相关部门寻求法律帮助，维护自己的合法权益。