港澳通行证在体制内是可以办理的，但具体办理流程和所需材料会因具体的出访性质和地区政策有所不同。以下是根据您提供的参考信息整理的关于因公赴港澳通行证的办理指南：

一、因公赴港澳的定义

因公赴港澳是指国家工作人员临时赴港澳或派驻港澳从事公务活动，这包括因公临时赴港澳和因公派驻港澳工作两种类型。

二、办理机构

对于党政机关、国有企事业单位、人民团体等因公赴港澳人员，可以通过单位向当地人民政府港澳办公室（或外事办公室）申办因公赴港澳通行证和相应的访问/工作签注。

三、因公临时赴港澳办理流程

1. 前期准备：

   • 单位需在相关审批办证信息管理系统中办理立户手续。
   • 通过系统报送电子材料。
   • 准备审批所需的基本材料，如因公临时赴港澳呈报表、详细日程安排、身份证复印件等。

2. 审批流程：

   • 提交材料后，等待出具任务批件。
   • 凭任务批件办理通行证及签注。

3. 办理通行证及签注所需材料：

   • 因公往来港澳事项登记卡（新证需提供身份证复印件、相片）。
   • 纸质相片两张。
   • 任务批件。

四、因公派驻港澳办理流程

1. 系统注册与申报：

   • 在同一系统中进行注册并申报，同时报送纸质材料。

2. 审批流程：

   • 经市政府报省港澳办审批。
   • 省港澳办办证中心办证。

3. 审批所需材料：

   • 首办需提供报批件、驻港澳机构情况表、拟外派人员情况表等。
   • 延期需提供不同的材料，如个人工作鉴定、超期延期申请表等。

五、注意事项

• 对于外系统人员，即不属于直接申办单位的，应通过各省、市外事办公室或部委外事主管单位申办证件和签注。
• 在办理过程中，请务必认真核对人员信息和签注信息，确保准确无误。

综上所述，体制内的工作人员因公赴港澳是可以办理通行证的，但需要按照相应的流程和规定进行申请和审批。希望以上信息能对您有所帮助。如果您有具体的办理需求或疑问，建议咨询当地的人民政府港澳办公室或外事办公室以获取更准确的信息和指导。