申请低保时，确实会涉及到对子女配偶的存款进行核查。这是因为在评估一个家庭是否符合低保资格时，需要全面考虑其家庭经济状况，包括家庭收入、家庭财产等多方面因素。

首先，根据相关政策，低保申请是以家庭为单位的，共同生活的家庭成员的经济状况都会被纳入评估范围。这包括配偶、未成年子女、已成年但不能独立生活的子女（如在校接受全日制本科及以下学历教育的子女），以及其他具有法定赡养、抚养、扶养义务关系并长期共同居住的人员。

其次，在家庭财产方面，核查内容涵盖了家庭成员拥有的全部动产和不动产，其中就包括银行存款。这是为了确保低保资金能够真正用于那些经济确实困难的家庭，防止因隐瞒财产而导致的资金滥用。

因此，在申请低保时，申请人需要提供包括子女配偶在内的所有共同生活家庭成员的相关信息，并签署《居民家庭经济状况核对授权书》，授权相关部门对其家庭经济状况进行核查。核查过程中，相关部门会依法依规进行查询，并严格保障个人信息安全。

总的来说，申请低保时查子女配偶的存款是评估家庭经济状况的必要环节，也是确保低保资金精准发放、有效使用的重要措施。