当民事纠纷被错误地当作刑事案件处理时，这是一个需要谨慎和及时应对的问题。以下是一些具体的步骤和建议，帮助您妥善处理这种情况：

一、明确案件性质并提出异议

1. 仔细分析案件：首先，您需要仔细分析案件的性质，确保它确实属于民事纠纷而非刑事案件。这通常涉及对案件事实、相关法律法规以及双方权利义务的深入了解。

2. 向司法机关提出异议：一旦确认案件为民事纠纷，您应立即向受理该刑事案件的司法机关（如公安机关、检察院或法院）提出异议。在提出异议时，要详细阐述案件的真实情况与法律性质，说明为何该案件应被视为民事纠纷而非刑事案件。

二、配合司法机关的重新审查

1. 提供证据材料：在司法机关对案件进行重新审查的过程中，您需要积极配合，并提供与案件相关的所有证据材料。这些证据可能包括合同、往来记录、通信记录、证人证言等，旨在证明案件的真实性质。

2. 保持沟通：与司法机关保持密切沟通，了解案件审查的进展，并随时提供必要的补充材料或说明。

三、处理结果及后续行动

1. 等待处理结果：在司法机关完成重新审查后，他们会根据审查结果作出相应的处理决定。如果确认案件为民事纠纷，司法机关通常会撤销刑事案件，并引导您通过民事诉讼程序解决纠纷。

2. 寻求民事解决途径：一旦刑事案件被撤销，您可以根据民事纠纷的具体情况，选择适当的解决途径，如调解、仲裁或诉讼。在这些过程中，您可能需要寻求专业律师的帮助，以确保您的权益得到充分保护。

3. 申请国家赔偿（如适用）：如果您因误被当作刑事案件处理而遭受了不必要的人身或财产损害，您有权根据相关法律法规申请国家赔偿。这通常涉及向相关司法机关提出申请，并提供相关证据以证明您的损害。

四、注意事项

1. 保持冷静：在整个过程中，保持冷静和理智至关重要。情绪化的反应可能会影响您的判断力和决策能力。

2. 寻求专业帮助：如果您对法律程序或相关权益保护不熟悉，建议寻求专业律师或法律顾问的帮助。他们可以为您提供更具体的法律建议和指导。

总之，当民事纠纷被错误地当作刑事案件处理时，及时、明确地提出异议，并积极配合司法机关的重新审查是关键。同时，了解并维护自己的合法权益也是非常重要的。