公司在涉及法律案件时，其营业执照的注销会受到严格限制，通常不能直接注销。具体情况分析如下：
诉讼阶段的影响：
- 当公司作为原告或被告参与诉讼时，其营业执照不能直接注销。注销会导致公司法人资格的消灭，影响诉讼程序的正常进行，使诉讼主体不适格。根据相关法律法规，企业在解散并依法清算注销前，仍应作为当事人参与诉讼。
执行阶段的限制：
- 若案件已进入执行阶段，公司同样不能注销营业执照。此时，法院需确保公司履行生效法律文书确定的义务。注销可能导致债权人权益受损，且根据相关法律规定，未经依法清算即办理注销登记的，股东或第三人若承诺对公司债务承担责任，债权人可主张其承担相应民事责任。
特殊情况下的注销：
- 在特定情况下，如公司已与对方达成和解并完全履行法律义务，或获得胜诉判决且无其他潜在纠纷，同时已按法定程序完成清算（包括清理财产、编制资产负债表、通知和公告债权人、处理未了结业务、清缴税款、清理债权债务等），则可申请注销营业执照。但这需要严格遵循法律程序，并确保所有债务和清算义务得到妥善履行。
建议与指导：
- 对于涉及法律案件的公司，建议先积极处理这些法律事务，确保所有纠纷得到妥善解决，并履行完相关清算义务后，再按照法定程序申请注销营业执照。在此过程中，咨询专业的律师以获取具体的法律意见和指导是至关重要的。
综上所述，公司在涉及法律案件时，应谨慎对待营业执照的注销问题。务必确保所有法律事务得到妥善处理，并履行完相关清算义务后，再按照法定程序进行注销。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。