关于燕子矶隧道限行的处罚措施，首先需要明确的是，具体的处罚细节可能会由南京市交通管理部门根据相关法律法规进行制定，并可能随着政策的调整而有所变化。然而，基于一般的交通限行处罚惯例，我可以为你提供一些可能适用的处罚情况。
在燕子矶隧道限行时段内，如果非本市籍号牌（即非苏A号牌）机动车（含临时号牌）违反了限行规定，进入了隧道，那么根据《中华人民共和国道路交通安全法》和《南京市长江桥梁隧道条例》等法律法规，驾驶者可能会面临以下一种或多种处罚：
罚款：驾驶者可能会被处以一定金额的罚款，具体数额由南京市交通管理部门根据违规情节的严重程度进行裁定。
记分：违规驾驶者的驾驶证可能会被记分，记分数量也会根据违规情节的严重程度而定。如果记分达到一定数量，驾驶者的驾驶证可能会面临暂扣或吊销等更严重的处罚。
拖车：在某些情况下，如果违规车辆停放在限行区域内，且对交通造成了严重影响，交通管理部门可能会采取拖车措施，将车辆移至指定地点，并要求驾驶者支付拖车费用。
其他处罚：根据具体情况，驾驶者还可能面临其他形式的处罚，如警告、教育等。
为了避免不必要的处罚，建议驾驶者在出行前仔细了解燕子矶隧道的限行规定，并合理规划出行路线。如果确实需要在限行时段内通过过江通道，可以选择其他不受限行的通道，如大胜关长江大桥、八卦洲长江大桥等。
此外，值得注意的是，南京市交通管理部门可能会根据实际情况对限行政策进行调整和优化，因此建议驾驶者密切关注相关政策的更新和变化。