物业有定期做顶层防水的义务，但具体需根据物业服务合同的约定来确定。

在物业管理中，物业公司的职责和服务范围通常会在物业服务合同中明确约定。如果合同中明确规定了物业公司需要定期做顶层防水，那么物业公司就有义务按照约定执行。这是因为物业服务合同是物业公司与业主之间达成的法律协议，双方都应遵守合同中的条款。

然而，如果物业服务合同中并未明确约定物业公司需要定期做顶层防水，那么物业公司就没有法律上的强制义务去执行这一工作。但值得注意的是，即使合同中没有明确约定，物业公司作为专业的物业管理机构，仍然有责任对物业的公共部分进行维护和修缮，以确保物业的正常使用和居住安全。

因此，在判断物业公司是否有定期做顶层防水的义务时，应首先查看物业服务合同的具体内容。如果合同中有明确约定，物业公司应履行该义务；如果合同中没有约定，但物业公司认为有必要进行顶层防水工作，也可以与业主协商并达成一致后执行。

总之，物业是否有定期做顶层防水的义务，取决于物业服务合同的约定以及物业公司的专业判断。如有任何疑问或争议，建议业主及时与物业公司沟通并查阅相关合同条款。