法院限制微信支付功能是合法的。这主要依据的是《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定。具体来说，根据《民事诉讼法》的相关条款，法院可以对被申请人的财产采取保全措施，以防止其转移、隐匿、损毁财产，确保判决的执行。而微信账户作为一种财产形式，自然可以被法院列入保全的对象。

在实际操作中，如果被执行人未按执行通知履行法律文书确定的义务，人民法院有权向有关单位查询被执行人的存款、债券、股票、基金份额等财产情况，并有权根据不同情形扣押、冻结、划拨、变价被执行人的财产。微信支付账户中的资金，从某种程度上来说也属于被执行人的财产范畴，因此在特定情况下，法院有权对其进行限制。

这种限制措施的目的在于保障债权人的合法权益，促使被执行人尽快履行法律义务。当然，法院在采取限制措施时，必须遵循法定程序，确保措施的合法性和正当性。

如果用户的微信支付功能被法院限制，建议首先了解限制的具体原因，并尽快与法院联系，了解相关的法律程序和权利。同时，也可以考虑寻求专业律师的帮助，以便更好地维护自己的合法权益。