关于流产住院合作医疗保险能否报销的问题，这确实是一个涉及多个因素的问题，包括流产的具体原因、是否符合计划生育政策，以及当地的农村合作医疗或合作医疗保险政策等。以下是对此问题的详细解答：
一、可以报销的情况
病理性流产：
- 如果流产是由于孕妇自身身体原因导致的，如子宫异常、内分泌失调、全身性疾病等病理性情况，且需要住院治疗，那么通常这种情况下的医疗费用是可以通过农村合作医疗或合作医疗保险进行报销的。
- 报销时，需要准备医院的诊断证明、病历、费用清单、住院发票等相关材料，并按照当地医保部门的规定进行申请。
计划生育政策内流产：
- 在符合国家计划生育政策的前提下，如因避孕失败等原因进行的人工流产手术，部分地区的农村合作医疗或合作医疗保险也可以给予报销。
- 报销政策和比例可能因地区而异，有的地方可能全额报销手术费用及相关的住院费用，有的地方则可能设置一定的报销比例和限额。
二、不可以报销的情况
违法生育导致的流产：
- 如果流产是由于违反国家计划生育政策而进行的，如超生后进行的流产手术，那么农村合作医疗或合作医疗保险一般不予报销。
非医学需要的选择性流产：
- 如果女性是出于非医学原因（如个人意愿、胎儿性别选择等）进行的流产，这种情况下农村合作医疗或合作医疗保险通常不会提供报销。
三、注意事项
了解当地政策：
- 由于农村合作医疗或合作医疗保险的具体报销政策在不同地区可能会有所不同，甚至可能存在较大的差异，因此建议孕妇在流产住院前，务必咨询当地的农村合作医疗或合作医疗保险管理部门，以了解详细的报销条件、流程及所需材料。
准备报销材料：
- 根据当地医保部门的要求，准备好相关的报销材料，如医院的诊断证明、病历、费用清单、住院发票等，以便在需要时能够顺利获得报销。
及时咨询：
- 如有任何疑问或不确定之处，应及时向当地医保部门或所就诊医院的医保办咨询，以确保自己的权益得到保障。
综上所述，流产住院合作医疗保险能否报销需根据具体情况及当地政策规定来判断。建议孕妇在流产住院前提前了解相关政策，并准备好必要的报销材料，以便在需要时能够顺利获得报销。