当案件超过诉讼时效时，法院的处理方式主要遵循《中华人民共和国民法典》及相关司法解释的规定。以下是对此问题的详细解答：

一、立案受理阶段

首先，根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二百一十九条，即使案件超过诉讼时效，只要当事人的起诉符合民事诉讼法规定的立案条件（例如有明确的被告、具体的诉讼请求和事实、理由等），法院仍然会受理案件。这意味着，超过诉讼时效并不妨碍案件的立案受理。

二、审理阶段

在审理过程中，法院会审查被告是否提出诉讼时效抗辩：

1. 被告提出时效抗辩：

   • 如果被告以原告的诉讼请求超过诉讼时效为由提出抗辩，并且法院经审理查明该抗辩事由成立，根据《中华人民共和国民法典》第一百九十二条第一款，法院会判决驳回原告的诉讼请求。这是因为诉讼时效期间届满后，义务人可以获得不履行义务的抗辩权。
   • 然而，也存在一些特殊情况可能导致诉讼时效中断、中止或延长，如不可抗力、无民事行为能力人或限制民事行为能力人没有法定代理人等。如果原告能够证明存在这些法定事由，诉讼时效可能未届满，法院会继续审理案件。

2. 被告未提出时效抗辩：

   • 根据《最高人民法院关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》第三条，如果被告未提出诉讼时效抗辩，法院不会主动适用诉讼时效的规定进行裁判。这意味着，即使案件超过了诉讼时效，但如果被告没有提出抗辩，法院仍然会根据案件事实和证据作出裁判。

三、上诉阶段

如果当事人在一审期间未提出诉讼时效抗辩，而在二审期间提出，人民法院一般不予支持。但基于新的证据能够证明对方当事人的请求权已过诉讼时效期间的情形除外。在这种情况下，法院会对新证据进行审查，并根据审查结果决定是否支持抗辩。

四、特殊情况处理

• 特定约定或法律特别规定：在某些情况下，虽然案件超过了诉讼时效，但如果当事人之间存在特定的约定或者法律另有特别规定，法院可能会根据这些约定或规定来处理案件。
• 自愿履行义务：如果当事人在诉讼过程中自愿履行义务，即使超过了诉讼时效，法院也会认可其效力。这是因为诉讼时效制度的目的是促使权利人及时行使权利，而不是鼓励义务人逃避义务。

五、诉讼时效的期限

诉讼时效的期限根据不同类型的民事权利而有所不同。例如，普通诉讼时效期间通常为三年；而因国际货物买卖合同和技术进出口合同争议提起诉讼或者申请仲裁的时效期间为四年；人寿保险以外的其他保险的被保险人或者受益人向保险人请求赔偿或者给付保险金的诉讼时效期间可能为二年（具体以现行法律为准）。同时，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，但有特殊情况的可以申请延长。

综上所述，当案件超过诉讼时效时，法院的处理方式主要依据相关法律规定和被告是否提出诉讼时效抗辩。作为当事人，在提起诉讼前应仔细了解相关法律法规和司法解释的规定，以免因超过诉讼时效而丧失胜诉权。同时，也应注意是否存在特殊情况或约定，以便更好地维护自己的合法权益。