关于农村建房主体漏水谁负责的问题，这需要根据具体情况来判断责任归属。以下是我根据不同情况给出的详细解答：
房屋质量问题：
- 若房屋尚在保修期内，且漏水是由房屋本身的质量问题导致的，那么应由开发商负责维修。这是基于建筑工程质量保证的相关规定，开发商在保修期内需对房屋的质量问题承担维修责任。
楼上业主不当行为：
- 若漏水是由楼上业主的装修或其他不当行为所致，那么责任应由该业主承担。这种情况下，漏水问题并非由房屋本身质量问题引起，而是由于楼上业主的行为导致的，因此应由其负责修复并赔偿损失。
公共设施损坏：
- 若漏水是由公共设施损坏引起的，比如公共水管破裂等，那么物业管理公司应承担维修责任。这是基于物业管理公司的职责和义务，其需对公共设施进行维护和管理。
自然老化或使用不当：
- 若房屋已过保修期，且漏水是由房屋自然老化或业主使用不当导致的，那么责任应由业主自行承担。这种情况下，业主需自行负责维修或更换相关设施。
为了确定具体的责任归属，建议首先请房屋质量检验部门对漏水原因进行鉴定，并出具鉴定报告。根据鉴定结果，可以明确漏水原因及责任方，从而采取相应的处理措施。
总的来说，农村建房主体漏水谁负责的问题需要根据具体情况来判断。在明确责任归属后，可以依据相关法律法规和合同约定来寻求相应的解决方案。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。