离婚时两个孩子的抚养权判决是一个复杂且需综合多方面因素考虑的问题。以下是对此问题的详细解答：
一、基本原则
子女年龄及意愿：
- 对于不满两周岁的子女，原则上由母亲直接抚养，但也存在特殊情况，如母亲患有严重疾病或不尽抚养义务等，此时子女可能随父亲生活。
- 对于已满两周岁但不满八周岁的子女，若父母双方无法就抚养问题达成协议，法院将依据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则进行判决。这包括考虑双方的抚养能力和条件、孩子的生活习惯和环境、个人素质和品德以及与孩子的感情亲密程度等因素。
- 对于已满八周岁的子女，法院在判决时会尊重其真实意愿，并综合考虑其他因素，以确保判决符合孩子的最大利益。
父母双方的抚养能力和条件：
- 法院会全面评估父母双方的经济收入、居住环境、工作时间、健康状况以及教育资源等，以确定哪一方能为子女提供更稳定、更健康、更有利于成长的生活环境。
- 若一方存在不利于子女成长的因素，如虐待、遗弃、吸毒、赌博等不良嗜好，或患有严重疾病等，法院在判决时会倾向于另一方。
协议优先原则：
- 如果父母双方在离婚过程中能够就子女的抚养问题达成合法有效的协议，且该协议不违反法律法规和公序良俗，法院将优先尊重并采纳双方的协议。
二、特殊情况的考量
双方抚养条件相近时：
- 若父母的抚养条件相差不大，法院可能会考虑判决一人抚养一个孩子，以平衡双方的权益，并确保每个孩子都能得到良好的照顾和教育。
子女与祖父母或外祖父母的关系：
- 如果子女长期与祖父母或外祖父母共同生活，且他们要求并有能力帮助照顾子女，法院在判决时可能会将此作为优先考虑的因素之一。
三、判决后的相关事宜
探视权：
- 未直接抚养子女的一方享有探视权。法院会根据具体情况合理安排探视的时间和方式，以保障子女与未直接抚养方的亲子关系得到维持和发展。
抚养费：
- 抚养费的数额一般根据子女的实际需要、父母双方的负担能力和当地的实际生活水平来确定。具体数额可按月总收入的百分之二十至三十的比例给付；负担两个以上子女抚养费的，比例可适当提高，但不得超过月总收入的百分之五十。对于无固定收入的情况，抚养费的数额可依据当年总收入或同行业平均收入参照上述比例确定。
综上所述，离婚时两个孩子的抚养权判决是一个综合考量的过程。法院会依据相关法律法规和具体案情，以确保子女的合法权益得到最大保障为原则进行判决。在实际操作中，建议父母双方能够理性协商，共同为孩子的未来着想，以达成最有利于孩子的抚养安排。