公司跨市迁移手续办理流程相对复杂，涉及多个步骤和不同部门的协调。以下是一个较为通用的流程，但具体细节可能会因地区和政策的不同而有所差异。以从禅城区迁出和迁入深圳为例，为您详细说明：

一、迁出地（禅城区）办理流程

1. 准备材料：

   • 企业迁入（迁出）调档的申请，需载明企业名称、申请迁入（迁出）调档事由等，并由法定代表人签字、企业加盖公章。
   • 营业执照副本复印件（加盖公章）。
   • 如涉及食品、药品或医疗器械经营许可，需一并提交注销的申请材料。

2. 提交迁入意见申请（如跨省迁移）：

   • 向迁入地登记机关（如深圳）提交迁入意见申请，并获取准予迁入调档函。

3. 办理迁出登记：

   • 携带准予迁入调档函、企业迁入（迁出）调档申请及营业执照副本复印件到原登记机关（禅城区）办理迁出登记。

4. 档案寄送：

   • 原登记机关会将企业登记档案寄送到迁入地登记机关。

二、迁入地（深圳）办理流程

1. 准备材料（如为省外迁入）：

   • 企业迁移申请书。
   • 营业执照复印件。
   • 法人授权委托书。
   • 经办人身份证复印件。
   • 税务部门开具的无欠税证明。
   • 深圳的房屋租赁合同复印件。
   • 企业无异常名录、无严重违法失信等截图。

2. 开具调档通知函（如为省外迁入）：

   • 向迁入地登记机关（深圳）提交上述材料，并获取企业迁移登记调档通知函。

3. 提交迁入登记申请：

   • 档案寄到深圳后，企业经办人需网上预约时间，备齐相关材料（包括原登记机关寄送的档案）前往窗口办理迁入登记。
   • 如为省内迁移，则无需开具调档通知函，也无需在迁出地办理迁出登记，直接向深圳市申请迁入登记即可。

4. 领取营业执照及相关许可证：

   • 办理完成后，领取新的营业执照及相关经营许可证，方可开展经营活动。

三、注意事项

1. 办理时限：

   • 迁入地和迁出地的办理时限可能有所不同，一般需在2-3个工作日内完成，但具体时间以当地登记机关为准。

2. 材料要求：

   • 所有材料需加盖企业公章，并确保信息的真实性和准确性。
   • 部分材料可能需要原件核对，如营业执照、经办人身份证等。

3. 线上办理：

   • 部分地区支持线上办理迁移手续，如禅城区可通过数据便民服务平台提交申请，深圳也可通过广东政务服务网或深圳市市场监督管理局门户网站进行申请。

4. 特殊情况处理：

   • 如企业被列入异常名录或存在其他异常情况，可能不予迁入，需先解决相关问题。

综上所述，公司跨市迁移手续办理流程涉及多个环节和部门，建议提前了解并准备好所需材料，以确保办理过程的顺利进行。同时，也可咨询当地登记机关或专业机构以获取更具体的指导和帮助。