当海关查获违规携带的现金时，处理流程通常遵循国家相关法律法规进行。以下是对这一问题的详细解答：

首先，需要明确的是，货币现钞属于限制进出境物品。根据我国的相关规定，出入境旅客携带的人民币若超过20000元，或外币现钞折合超过5000美元，都应当如实向海关申报，并选择“申报通道”通关。这是旅客必须遵守的法律规定。

如果旅客违反了这一规定，即超额携带相关货币进出境未申报或申报不实，海关将依据《中华人民共和国海关法》和《中华人民共和国海关行政处罚实施条例》等相关法律法规进行依法处理。具体的处理方式可能包括：

1. 暂扣现金：海关会首先暂扣超出的现金部分，以确保其不会非法流出或流入。

2. 进一步调查：海关可能会对旅客进行进一步的询问和调查，以了解现金的来源、用途以及是否存在其他违法行为。

3. 依法处罚：根据违规的严重程度，海关可能会对旅客处以罚款、没收现金或其他相应的行政处罚。

4. 移交后续部门：在某些情况下，海关可能会将查获的现金及相关案件移交给后续部门，如外汇管理部门或司法机关，进行进一步的调查和处理。

此外，还需要注意的是，进出境旅客在携带现金时，应事先了解并遵守国家的相关规定。如果确实需要携带超出限额的大量现钞出境，应事先到外汇管理部门或相关银行申领有关证件，并向海关书面申报。

综上所述，海关查获的违规携带现金将依据国家法律法规进行严格处理。因此，建议旅客在进出境时务必遵守相关规定，如实申报携带的现金数额，以避免不必要的麻烦和损失。